LNMP 官方文档给出的建议:

.user.ini 文件无法直接修改,如要修或删除需要先执行:

chattr -i /网站目录 /.user.ini
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可以使用 winscp 文件管理、vim 编辑器或 nano 编辑器进行修改。
删除的话

rm -f /网站目录 /.user.ini 
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修改完成后再执行

chattr +i /网站目录 /.user.ini
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.user.ini 不需要重启一般 5 分钟左右生效,也可以重启一下 php-fpm 立即生效。
如果要更改网站目录必须要按上述方法修改防跨目录的设置,否则肯定报错!!

LNMP 1.4 或更高版本也可以直接使用 lnmp 安装包 tools/ 目录下的 ./remove_open_basedir_restriction.sh 进行移除。

最后,如果我们只是单纯的想修改一下网站目录的权限,那么完全可以忽略这个错误,不用管就行。